Nombrado jefe del Ejército del Norte, propugnó su plan de libertar a Chile y utilizar la vía del Pacífico para llegar al Perú, base del poder realista. Nombrado gobernador de Cuyo, organizó el Ejército de los Andes en El Plumerillo (a 7 kilómetros de Mendoza), con el cual cruzó la cordillera en una operación de precisión matemática que le permitió dar una victoriosa batalla en la cuesta de Chacabuco (1817).

El cruce duró 21 días. 5400 hombres guiados por baquianos atravesaron alturas superiores a los 4000 metros, llevando caballos y mulas.

Batalla de Maipú

Las fuerzas patriotas, una vez reorganizadas, derrotaron de manera rotunda al ejército realista cerca del río Maipú el 5 de abril de 1818. En ese momento, se aseguró la libertad chilena.
El 12 de febrero de 1818, luego de una consulta popular, fue declarada la Independencia de Chile.

El exilio en Europa

El 11 de febrero de 1824 el Libertador se embarcó a Europa para asegurarle una buena educación a su hija. Allí, siguió trabajando para asegurar la Independencia.
El 4 de mayo se embarcó con su hija a Inglaterra. Poco después se radicó en Bruselas.

Retirado a la vida privada, regresó a Buenos Aires y en 1824 se embarcó para Europa, exiliado voluntariamente. Más adelante, se estableció definitivamente en la ciudad de Boulogne-sur Mer (Francia). Viejo y enfermo, falleció el 17 de agosto de 1850, en su casa de esa ciudad, rodeado de sus seres queridos.

Sus restos fueron repatriados en 1880 y, actualmente, descansan en un mausoleo contruido dentro de la Catedral porteña.

En casi todas las localidades argentinas hay una plaza, una calle, una escuela o un club con el nombre de San Martín. Y, en muchas, hay monumentos en su nombre (incluso, en 1951 fue inaugurada una estatua de él en el Central Park de Nueva York). 

Máximas 
redactadas por el General San Martín 
para su hija Mercedes Tomasa

. Humanizar el carácter y hacerlo sensible aun con los insectos que no perjudican. Stern ha dicho a una mosca abriéndole la ventana para que saliese: Anda, pobre animal, el mundo es demasiado grande para nosotros dos. 
. Inspirarla amor a la verdad y odio a la mentira. 
. Inspirarla a una gran Confianza y Amistad pero uniendo el respeto. 
. Estimular en Mercedes la Caridad con los Pobres. 
. Respeto sobre la propiedad ajena. 
. Acostumbrarla a guardar un Secreto. 
. Inspirarla sentimientos de Indulgencia hacia todas las Religiones. 
. Dulzura con los Criados, Pobres y Viejos. 
. Que hable poco y lo preciso. 
. Acostumbrarla a estar formal en la Mesa. 
. Amor al Aseo y desprecio al Lujo. 
. Inspirarla amor por la Patria y por la Libertad.